La història de les dues torres (la de Barad-dûr i Orthanc, on habiten les forces del Mal representades per Sauron i Sàruman) arranca on acaba la primera part: després de la mort de Bòromir, la Comunitat es dissol. Per una banda Frodo i Sam van cap a Mòrdor amb la intenció de destruir l’anell, mentre Àragorn, l’elf Lègolas i el nan Gimli intenten alliberar els hòbbits Pippin i Merry, segrestats pels sequaços de Saruman. Pel camí es troben amb una patrulla de guerrers del regne de Róhan, els quals els expliquen que Théoden, el rei d’aquesta comarca, ha estat mig embruixat pel seu conseller Grima, Llengua de serpent,  per rendir-se a Sàruman.
El Gòl·lum, també apareixerà en aquesta segona part, conduint Frodo i Sam cap a les terres de Mórdor.